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僅有少數臺灣原住民族移出臺灣的推論,較符合語言學者認為南島語群自臺灣開始擴散的假說。不同語言學者將南島語進行不同程度的分類,然而大部分皆認為臺灣島內的南島語歧異度最大,所有非臺灣南島語的歧異度都低於臺灣的南島語。這指向一個重要的論點:移出臺灣的南島語族並不多。如果所有史前臺灣南島語族都移出臺灣,則應該發現非臺灣與臺灣南島語的歧異度沒有太大差別。唯有移出臺灣的南島語族不多,才可能造成非臺灣南島語歧異度低的現象。Capelli等人的Y染色體多樣性研究證實了這一點:除了阿美族,臺灣原住民的Y染色體多樣性基本上與其他非臺灣南島語族並不相同,而阿美族與菲律賓的Y染色體多樣性有高度一致性,顯示大多數臺灣原住民族的始祖沒有移出臺灣,最有可能移出臺灣的是阿美始祖。

粒線體DNA的資料也支持僅有阿美族始祖移出臺灣的論點。粒線體DNA是閉合環狀的DNA,全長為16,569個鹼基對,對於體染色體而言具有相當程度的獨立性,與Y染色體相同,粒線體DNA的突變也可以用來畫出發生系譜樹,只不過它追蹤的是人群母系的來源。2005與2009年關渡馬偕醫院研究員Trejaut等相繼發表臺灣原住民族以及菲律賓族群的粒線體DNA多樣性數據,發現B4a1a分型在臺灣原住民族的分布極不平均:45%的阿美族檢體帶有B4a1a分型,在雅美族之中為14%,其餘不超過10%,甚至在賽夏、布農、排灣、卑南族中的分布為0%。有意思的是,菲律賓族群普遍帶有這個分型:北、中、南部菲律賓檢體平均帶有B4a1a的頻率為14%。相較於B4a1a分型在阿美族極高比例分布、菲律賓普通比例分布的情形下,臺灣大多數原住民族帶有B4a1a分裂的不多,顯示他們的始祖可能沒有離開過臺灣。

 

 
 
 
 
 
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